Fiz utilizando o else if

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<script>

    function pulaLinha() {

        document.write("<br>");
    }

    function mostra(frase) {

        document.write(frase);
        pulaLinha();
    }

    function sorteia () {

        return Math.round(Math.random() * 100);

    }

    var numeroPensado = sorteia();
     console.log(numeroPensado);

    var chute = parseInt(prompt("Já pensei. Qual você acha que é?"));

    if(chute == numeroPensado) {

        mostra("Uau! Você acertou, pois eu pensei no " + numeroPensado);
    } else if (chute > numeroPensado) {

        mostra("Você errou! Eu tinha pensado em um número menor");
    } else if (chute < numeroPensado) {

        mostra("Você errou! Eu tinha pensando em um número maior");
    }

</script>