Fiz uso do .includes para varrer o Array

<meta charset="UTF-8">

<input/>
<button>Compare com o meu segredo</button>

<script>

  function sorteia () {

    return Math.round(Math.random() * 10)
  }

  function sorteiaNumeros(quantidade) {

    var segredos = []
    var contador = 0

    while (contador < quantidade) {

      var numeroSorteado = sorteia()

      if (!(segredos.includes(numeroSorteado))){
        segredos.push(numeroSorteado)
        contador++
      }
    }

    return segredos
  }

  var segredos = sorteiaNumeros(3)

  var input = document.querySelector('input')
  input.focus()

  function verifica() {

    var achou = false

    for(var posicao = 0; posicao < segredos.length; posicao++){

      if (input.value == segredos[posicao]) {
        alert ('Você acertou!')
        achou = true
        break
      }
    }

    if (achou == false) alert('Você errou!')

    input.value = ""
    input.focus()
  }

  var button = document.querySelector('button')
  button.onclick = verifica

</script>