Boa tarde, é preciso declarar que o prompt retornará numeros (utilizando o Number()), caso contrário ele considera o dado inserido uma string (texto).
var perguntaNumero1 = Number(prompt( " Digite um numero "));
var perguntaNumero2 = Number(prompt ("Digite outro numero para ser somado"));
O código final fica assim:
<meta charset="UTF-8">
<script>
function pulaLinha() {
document.write("<br>");
}
function mostra(frase) {
document.write(frase);
pulaLinha();
}
function functionQueseChamasoma (a ,b) {
var instrucaoDadaSera = (a + b);
return instrucaoDadaSera;
}
var perguntaNumero1 = Number(prompt( " Digite um numero "));
var perguntaNumero2 = Number(prompt ("Digite outro numero para ser somado"));
var aVarQueVamosAtribuirValorDeUmaFuncao = functionQueseChamasoma (perguntaNumero1, perguntaNumero2 ) ;
document.write (" O resultado de sua soma é " + aVarQueVamosAtribuirValorDeUmaFuncao );
</script>