Eu fiz usando a mesma lógica da tarefa anterior de pulsação. Apesar da primeira troca levar 4 seg em vez de 3 depois disso fica igual, ajustei o tempo do setInterval pra dar 3 seg de troca e funcionou. Está errado?
<canvas width="600" height="400"></canvas>
<script>
function desenhaBandeiraBrasil() {
    var tela = document.querySelector('canvas');
    var pincel = tela.getContext('2d');
    pincel.fillStyle="green";
    pincel.fillRect(0, 0, 600, 400);
    pincel.fillStyle="yellow";
    pincel.beginPath();
    pincel.moveTo(300, 50);
    pincel.lineTo(50, 200);
    pincel.lineTo(550, 200);
    pincel.fill();
    pincel.beginPath();
    pincel.moveTo(50, 200);
    pincel.lineTo(300, 350);
    pincel.lineTo(550, 200);
    pincel.fill();
    pincel.fillStyle="darkblue";
    pincel.beginPath();
    pincel.arc(300, 200, 100, 0, 2* 3.14);
    pincel.fill();
}
function desenhaBandeiraAlemanha() {
    var tela = document.querySelector('canvas');
    var pincel = tela.getContext('2d');
    pincel.fillStyle = 'black';
    pincel.fillRect(0, 0, 600, 133);
    pincel.fillStyle = 'red';
    pincel.fillRect(0, 133, 600, 133);
    pincel.fillStyle = 'yellow';
    pincel.fillRect(0, 266, 600, 133);
}
    var intercala = 3
    var i = 0;
    function trocaBandeira () {
        if (intercala < i) {
            desenhaBandeiraBrasil();
            i = + 1;
        } else if(intercala > i) {
            desenhaBandeiraAlemanha();
            i = - 1;       
        }
        console.log(i + 1)
        intercala = intercala + i;
    }
    setInterval(trocaBandeira, 800);
</script>