Solucionado
Se a tabela de consulta precisa somente do id do medico e o id do paciente, por que eu deveria buscar a entidade inteira do medico e paciente para construir a classe Consulta?
ai tenho que fazer 2 buscas no banco de dados de forma desnecessária pois o id ja vem na requisição.
Oi!
Precisa setar a entidade inteira no relacionamento e não apenas o id, sendo que o método getReferenceById não vai disparar uma consulta no banco. Ela apenas é associada no relacionamento ;)
Bons estudos!