Talvez esteja me antecipando, mas vamos lá...
Andei pesquisando alternativas para fazer as mensagens da aplicação desparecerem com um fade out, após certo período de tempo, mas não consegui usar o ng-animate adequadamente (a mensagem não desaparece), e acabei mudando meu código para uma solução puramente boostrap, incluindo um botão (X) para fechar a mensagem, como no código abaixo:
<div ng-show="mensagem.length" class="alert alert-info">
<a href="#" class="close" data-dismiss="alert" aria-label="close" ng-click="mensagem = ''">×</a>
<strong>{{mensagem}}</strong>
</div>
Algum norte sobre isso, Flávio? Talvez tenha a ver com a condição ng-show.