Como muitos perceberam, mas para ajudar quem está começando:
let porcentagemDesconto = 0;
let quantidadeMilhas = 30001;
if(quantidadeMilhas > 30000){
porcentagemDesconto = 20;
} else {
if(quantidadeMilhas > 5000){
porcentagemDesconto = 10;
}
}
console.log(porcentagemDesconto)
Além de ser mais fácil para ver no console, estava faltando declarar o "quantidadeMilhas" se não iria dar erro...