Existe diferença entre usar o reset.css ou retirar margin e padding no css?

o reset.css vai setar diversos parâmetros para que todos os navegadores passem a interpretar o css a partir do que vc está configurando. Se não houver o reset, pode haver diferença de visualização entre navegadores distintos, assim o usuário não terá a mesma experiência, ou a experiência que vc desejava. Ou seja, é preferível vc utilizar o reset.css (que vai resetar muito mais do que apenas o margin e padding).

Veja:

/* http://meyerweb.com/eric/tools/css/reset/ 
   v2.0 | 20110126
   License: none (public domain)
*/

html, body, div, span, applet, object, iframe,
h1, h2, h3, h4, h5, h6, p, blockquote, pre,
a, abbr, acronym, address, big, cite, code,
del, dfn, em, img, ins, kbd, q, s, samp,
small, strike, strong, sub, sup, tt, var,
b, u, i, center,
dl, dt, dd, ol, ul, li,
fieldset, form, label, legend,
table, caption, tbody, tfoot, thead, tr, th, td,
article, aside, canvas, details, embed, 
figure, figcaption, footer, header, hgroup, 
menu, nav, output, ruby, section, summary,
time, mark, audio, video {
    margin: 0;
    padding: 0;
    border: 0;
    font-size: 100%;
    font: inherit;
    vertical-align: baseline;
}
/* HTML5 display-role reset for older browsers */
article, aside, details, figcaption, figure, 
footer, header, hgroup, menu, nav, section {
    display: block;
}
body {
    line-height: 1;
}
ol, ul {
    list-style: none;
}
blockquote, q {
    quotes: none;
}
blockquote:before, blockquote:after,
q:before, q:after {
    content: '';
    content: none;
}
table {
    border-collapse: collapse;
    border-spacing: 0;
}

Muito obrigada pela resposta!