Apenas modifiquei o altera para dizer qual a cor que será utilizada no próximo clique com o mouse:
<canvas width="600" height="400"></canvas>
<script>
var tela = document.querySelector('canvas');
var pincel = tela.getContext('2d');
pincel.fillStyle = 'grey';
pincel.fillRect(0, 0, 600, 400);
var cores = ['blue', 'red', 'green']
var indiceCorAtual = 0; // começa em blue
function desenhaCirculo(evento) {
var x = evento.pageX - tela.offsetLeft;
var y = evento.pageY - tela.offsetTop;
pincel.fillStyle = cores[indiceCorAtual];
pincel.beginPath();
pincel.arc(x, y, 10, 0, 2 * 3.14);
pincel.fill();
console.log(x + ',' + y);
}
tela.onclick = desenhaCirculo;
function mudaCor() {
indiceCorAtual++;
if(indiceCorAtual >= cores.length){
indiceCorAtual = 0; //retorna para a cor azul
}
alert('A cor da bolinha será:' + ' ' + cores[indiceCorAtual]); // exibir alerta da cor a ser utilizada
return false; //para não exibir o menu padrão do canvas
}
tela.oncontextmenu = mudaCor;
</script>