Boa tarde, a primeira coisa que fiz foi diferenciar as duas variáveis, ficando dessa forma:
... 
   var resultadoInfantil = salaInfantil(22, 18);
    var resultadoJuvenil = salaJuvenil(15, 19);
    mostra(resultadoInfantil);
    mostra(resultadoJuvenil);
...
Com isso o retorno seria a soma da quantidade de alunos no infantil e em baixo a soma do juvenil:
40
34
Agora acrescentei alguns as variáveis para guardar o número de meninas e meninos no Juvenil (meninasJ ,meninosJ) e para o numero de meninos e meninas no Infantil (meninasI, meninosI).
    var meninasI;
    var meninosI;
    var meninasJ;
    var meninosJ;
Finalizando as modificações, antes de realizar a soma de meninas e meninos eu coloquei as funções salaInfantil e salaJuvenil para darem os valores as variáveis citadas anteriormente. Ficando dessa forma:
 function salaInfantil(meninas, meninos) {
        meninasI = meninas;
        meninosI = meninos;
        return meninasI + meninosI;
    }
    function salaJuvenil(meninas, meninos) {
        meninasJ = meninas;
        meninosJ = meninos;
        return meninasJ + meninosJ;
    }
O código final ficou assim:
<meta charset="UTF-8">
<script>
    var meninasI;
    var meninosI;
    var meninasJ;
    var meninosJ;
    function pulaLinha() {
        document.write("<br>");
        document.write("<br>");
    }
    function mostra(frase) {
        document.write(frase);
        pulaLinha();
    }
    function salaInfantil(meninas, meninos) {
        meninasI = meninas;
        meninosI = meninos;
        return meninasI + meninosI;
    }
    function salaJuvenil(meninas, meninos) {
        meninasJ = meninas;
        meninosJ = meninos;
        return meninasJ + meninosJ;
    }
    var resultadoInfantil = salaInfantil(22, 18);
    var resultadoJuvenil = salaJuvenil(15, 19);
    mostra(resultadoInfantil + " alunos na turma infantil, sendo " + meninasI + " meninas e " + meninosI + " meninos." );
    mostra(resultadoJuvenil + " alunos na turma juvenil, sendo " + meninasJ + " meninas e " + meninosJ + " meninos.");
</script>
Espero que seja o resultado desejado. :D