Para quem estiver procurando a solução do erro "java.lang.IllegalStateException: Failed to execute CommandLineRunner":
@Query(value = "select new br.com.alura.spring.data.orm.dto.FuncionarioDto(f.id, f.nome) from Funcionario f")
public List<FuncionarioDto> findTodos();
Tive que usar JPQL e realizar um cast na própria query.