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Eu prefiro usar o "Number"

function skip (){
            document.write ('<br><br>');
                }

        function show (frase){
            document.write (frase);
            skip();
        }
        var time = prompt ('Insira aqui o nome do seu time:')
      var vit = Number (prompt('Digite o número de vitórias do seu time:'));
      var emp = Number (prompt('Digite o número de empates do seu time:'));
      var der = Number (prompt ('Digite o númeor de derrotas do seu time:'));

      var pts = (vit * 3) + emp + (der * 0)

      var totalpts = 38*3

      var aprov = (pts / totalpts) * 100




      show ('O total de pontos do  ' + time + ' é : '  + pts + '.');
      show (`O aproveitamento do ${time} é de ${Math.round(aprov)}%.`);

    </script>
    <footer>
        &copy; Pedro Mattos
    </footer>
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Olá, Pedro!

Em primeiro lugar, gostaria de te parabenizar pela dedicação!

Não tem nenhum problema utilizar o Number em vez do ParseInt, embora cada um tenha suas particularidades. Te aconselho a dar uma olhada nesse post ( https://thisthat.dev/number-constructor-vs-parse-int/ ) e conferir os detalhes de cada um.

A única ressalva que eu faria em relação ao seu código é o uso de abreviações para nomear as variáveis. Se uma pessoa estiver vendo o seu código pela primeira vez, pode ter dificuldade de entender o que essas abreviações significam. Não tenha medo de usar nomes como "dataDePagamentoDoSalario" para uma variável, o importante é a legibilidade :)

Espero ter ajudado!

Boa sorte em seus estudos!