eu não consegui entender muito bem essa diferença de referência e por valor

Um valor, é o conteúdo da variável string, no caso "Modelando a Classe Aula". Uma referência é o endereço da variável.

No momento da criação do Array, você adiciou o VALOR da variável aulaModelando "Modelando a Classe Aula" aos elemento [1] do Array, depois embaixo alterou o valor da variável, porém o Array permaneceu com a String "Modelando a Classe Aula", já que ela armazenou somente o valor, ou seja, copiou a string para dentro do seu array.

Caso você tivesse passado a referência, você teria armazenado no array o ENDEREÇO da variável aulaModelando, sendo assim, ao alterar o valor dessa variável, os dados que estão armazenados no ENDEREÇO dela mudam também, e nesse caso seu Array passaria a ter a string "Trabalhando com Arrays" na posição [1].

Espero que tenha ficado claro :)

siim cara, ficou claro, valeu demais