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Eu consigo fazer este processo atualizando os dados ja existentes?

Por exemplo, se eu preciso fazer um relaório em uma tabela temporária e toda vez que vou fazer este SELECT INSERT, os dados que estao nessas tabelas se repetirão. É possível fazer o INSERT dos dados que nao estao na tabela temporária? Ou o jeito mesmo é dropar a tabela toda vez?

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Se eu entendi bem vc quer fazer o insert só do dados faltantes na segunda tabela, se for o caso vc consegue fazer um SELECT que ache essas linhas e com o resultado vc faz o INSERT na segunda tabela.

https://www.w3schools.com/sql/sql_insert_into_select.asp