Eu ainda não entendi bem como funciona o conceito de "caixa"

Olá, João Octávio.

Pelo que entendi, a "caixa" foi uma classificação dada a uma div que agrupou logo e links de navegação no cabeçalho. Foi uma forma de poder mexer a logo e os links em conjunto, para que os atributos escritos no css de "caixa" pudessem ser aplicados em todo cabeçalho. Portanto, essa "caixa" foi uma forma de manipular elementos em conjunto.

HTML:

    <header>
            <div class="caixa">
                <h1><img src="logo.png.png" alt="Logo da Barbearia Alura"></h1>
                <nav>
                    <ul>
                        <li><a href="index.html">Home</a></li>
                        <li><a href="produtos.html">Produtos</a></li>
                        <li><a href="contato.html">Contato</a></li>
                    </ul>
                </nav>
            </div>
        </header>

CSS:

.caixa {
    width: 940px;  
    position: relative;
    margin: 0 auto;
}