A Estrutura da Justiça Federal da Bahia é altamente hierárquica. Por ser Seção Judiciária, já está subordinada ao Tribunal Regional Federal da Primeira Região (TRF1), com sede em Brasília. Há subordinação orçamentária e técnica da TIC ao TRF1. Além disso, por ser um órgão do judiciário, juízes federais (a maioria deles sem experiência administrativa) se revezam a cada dois anos na Direção do Foro, que significa que esses magistrados são Ordenadores de Despesas (pessoa que autoriza os pagamentos) e não estão acostumados a ambientes holográficos. É uma cultura muito difícil de ser vencida. Contudo, atualmente existe uma maior autonomia de certas áreas técnicas, como a TIC, uma vez que não se pode engessar muito as soluções tecnológicas, sob pena de parar a prestação jurisdicional.