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Estrutura do projeto

Rotina de backup par ao MYSQL devo fazer o dump direto do BD em produção ou posso usar uma replica e fazer da replica? Qual a melhor forma?

E como calcular corretamente o innodb_buffer_pool_size?

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Olá Luis, tudo bem? Sim, pensando no todo e em evolução, é muito mais indicado manter os projetos separados, porque se um projeto mudar muito? Ou então um evoluir bem mais do que o outro? E se acontecer erros? Acho que solucionar essas perguntas é mais tranquilo em projetos separadas.

Acho que para a parte de gerenciamento de versões acho que é melhor fazer pelo Git, você vai ter sempre conjuntos de alterações que representam alguma coisa, porém tudo deve ser testado pelo Ansible.

É mais fácil a manutenção e a atualização bem como correção de problemas mantendo as aplicações separadas entre si e também separadas da máquina onde o banco está sendo executado, assim você tem cada uma com apenas a sua responsabilidade e tudo é mais simples.

Espero ter ajudado!