Cola seu código aqui pra gente ver

class Funcionario {

String departamento; String nome; double salario; String cpf; String endereco; Data dataDeEntrada;

void recebeAumento(double aumento) { this.salario += aumento; }

double calculaGanhoAnual() { return this.salario*12; }

void mostra(){

System.out.println("Nome : " + this.nome); System.out.println("Departamento: " + this.departamento); System.out.println("CPF: " + this.cpf); System.out.println("Endereco: " + this.endereco); System.out.println("Salario: " + this.salario); System.out.println("Dia: " + this.dataDeEntrada.dia); System.out.println("Mês: " + this.dataDeEntrada.mes); System.out.println("Ano: " + this.dataDeEntrada.ano);

} class Data{ int dia; int mes; int ano; } } class programa{ public static void main(String[] args) {

Funcionario f1 = new Funcionario();

f1.nome = "Eduardo de Oliveira Siqueira"; f1.salario = 200.000; f1.cpf = "54746788172"; f1.endereco = "Rua 02, Quadra J, Lote 25, Alameda dos Anjos"; f1.dataDeEntrada = new Data(); f1.dataDeEntrada.dia = 25; f1.dataDeEntrada.mes = 04; f1.dataDeEntrada.ano = 2017; f1.departamento = "Desenvolvimento";

//Infelizmente sai bagunçado e nao sei arrumar.

você declarou a classe Data dentro da classe Funcionario. Declara fora.