Olá Felipe,
Vamos supor que você está trabalhando com 3 branchs: master, branch1, branch2
Você primeiro tem que ter as branchs baixadas e atualizadas em seu computador, fazendo dessa maneira:
git checkout branch1 #muda de branch
git pull origin branch1 #atualiza branch
git checkout branch2 #muda de branch
git pull origin branch2 #atualiza branch
git checkout master #volta para a master
Não esqueça de voltar para a master
Vamos criar uma outra branch chamada juntar_branchs e vamos entrar nela e fazer o merge dessas branchs dessa maneira:
git checkout -b juntar_branchs #para criar a branch e entrar nela
git merge branch1 #junta a branch1 com a branch atual
git merge branch2 #junta a branch2 com a branch atual
Dessa maneira, você terá uma nova branch chamada juntar_branchs que possuem o merge dessas duas branchs!
Existe um processo mais curto para se fazer isso sem precisar criar uma branch que mergea as duas, porém, da maneira que escrevi o entendimento pode ser melhor.