O erro está no "anoCopa = anoCopa + 4", o qual está fora do bloco {}. Por isso, não vai contar todas as copas. Somente a copa de 1930.
<meta charset="UTF-8">
<script>
function pulaLinha() {
document.write("<br>");
}
function mostra(frase) {
document.write(frase);
pulaLinha();
}
var anoCopa = 1930;
var limite = parseInt(prompt("Qual é o ano limite?"));
while(anoCopa <= limite) {
mostra(anoCopa + " tem copa!");
anoCopa = anoCopa + 4;
}
mostra("Ufa! Esses foram os anos de copa até " + limite);
</script>