Bom dia Bruno! Eu creio que seria bom você concluir as 2 carreiras, Java Jr e Java Jr Web:

https://cursos.alura.com.br/career/desenvolvedor-java-junior

https://cursos.alura.com.br/career/desenvolvedor-java-junior-web

A maioria dos sistemas hoje é Web. Talvez você dominar apenas Java Desktop te deixe limitado ao ponto de você não conseguir uma determinada vaga.

Infelizmente algumas empresas são bem específicas quanto a conhecimento prévio e requisitos para uma vaga, mesmo de estágio.

Jonas você já trabalha na área?

Eu trabalho na área vai fazer 2 anos. Minha formação original é em Engenharia Civil, como eu sempre gostei de programar e aplicava isso no dia a dia resolvi mudar de área. Migrei de um Departamento para outro dentro da mesma Empresa. Eu não mexia com Java até pouco tempo atrás. Aqui na Empresa tem muitos Sistemas em Java, não sei quantos são, mas até onde eu sei são todos Java Web.