Esta foi a solução que encontrei, porém não usei && para travar o uso das 2 teclas ao mesmo tempo.

<canvas width="600" height="400"></canvas>
<script>

var tela = document.querySelector('canvas');
var pincel = tela.getContext('2d');

pincel.fillStyle = 'grey';
pincel.fillRect(0, 0, 600, 400);
var cor = ['blue', 'red', 'green'];
var indiceCorAtual = 0;
var raio = 10;

function desenhaCirculo(evento) {

    var x = evento.pageX - tela.offsetLeft;
    var y = evento.pageY - tela.offsetTop;
    pincel.fillStyle = cor[indiceCorAtual];


    console.log(x + ',' + y);
    if( raio < 40){
        if (evento.shiftKey ) {

            raio = raio + 10; 

        }
    }

    if(raio > 10){
        if(evento.altKey){
            raio = raio - 5;
        }

    }
    pincel.fillStyle = cor;
    pincel.beginPath();
    pincel.arc(x, y, raio, 0, 2 * 3.14);
    pincel.fill();
    console.log(raio);


}

tela.onclick = desenhaCirculo;

function mudaCor() {

    indiceCorAtual++;

    if(indiceCorAtual >= cor.length){
        indiceCorAtual = 0;
    }


    return false;
}

tela.oncontextmenu = mudaCor;

</script>