var quantidadeCarbono1 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 1"));
var quantidadeCarbono2 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 2"));
quantidadeCarbono2 = quantidadeCarbono2 + 2; (essa linha, possue alguma funcionalidade? Ela não é uma variável, não é uma função e por fim, é nomeado da mesma forma que a variável usada pra captar a informação do prompt quantidadeCarbono2...)