Escrevi de uma outra maneira e deu certo

<!-- bandeiras.html -->

<canvas width="600" height="400"></canvas>

<script>

    function desenhaBandeiraBrasil() {
        var tela = document.querySelector('canvas');
        var pincel = tela.getContext('2d');

        pincel.fillStyle="green";
        pincel.fillRect(0, 0, 600, 400);

        pincel.fillStyle="yellow";
        pincel.beginPath();
        pincel.moveTo(300, 50);
        pincel.lineTo(50, 200);
        pincel.lineTo(550, 200);
        pincel.fill();

        pincel.beginPath();
        pincel.moveTo(50, 200);
        pincel.lineTo(300, 350);
        pincel.lineTo(550, 200);
        pincel.fill();

        pincel.fillStyle="darkblue";
        pincel.beginPath();

        pincel.arc(300, 200, 100, 0, 2* 3.14);
        pincel.fill();
    }


    function desenhaBandeiraAlemanha() {
        var tela = document.querySelector('canvas');
        var pincel = tela.getContext('2d');

        pincel.fillStyle = 'black';

insira seu código aqui

        pincel.fillRect(0, 0, 600, 133);

        pincel.fillStyle = 'red';
        pincel.fillRect(0, 133, 600, 133);

        pincel.fillStyle = 'yellow';
        pincel.fillRect(0, 266, 600, 133);
    }

    var tempo1 = 3000;
    var tempo2 = 6000;

    function trocaBandeira() {

        setInterval(desenhaBandeiraBrasil, tempo1);
        setInterval(desenhaBandeiraAlemanha, tempo2);

    }

    trocaBandeira();

</script>