Boa tarde Paulo, tudo certo?
Esse erro aconteceu pois você passou um caminho para um arquivo que não existe ao chamar o Node. O caminho para o arquivo index.js, de dentro da pasta raiz do projeto, seria:
node api-loja/api/index.js
E adiantando outro problema que você vai encontrar é a ordem dos comandos no arquivo index.js. Você só pode chamar o objeto app após ter inicializado o express. Então recomendo alterar o arquivo para:
const bodyParser = require('body-parser')
const express = require ('express')
const app = express()
const config = require ('config')
app.use (bodyParser.json())
app.listen(config.pet('api.porta'), () => console.log ('API rodando'))
Espero ter ajudado. Continue assim e bons estudos!