No exercício e dito para separarmos os arquivos do exercicio em pastas, so que ao fazer isso o navegador simplismente não lê as alterações feitas e perde tanto os estilos css como nenhuma função no javascript é executada. Sendo que referenciei corretamente no html, abaixo um print do erro exibido no console.
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Olá, tudo bem? Pelo erro é possível afirmar que ele não esta encontrando o arquivo que foi solicitado.
Na imagem abaixo é possível ter uma ideia de como deve estar salvo.
Veja que o caminho do meu href está de acordo com as pastas ao lado.
Meu arquivo index.html está dentro da pasta JavaScript
index.css e reset.css está dentro da pasta css
O meu está também assim, o index ta dentro de img como especificado pelo instrutror, e as demais em css e js nas pastas com seus respectivos nomes. O problema de nao ler o css foi resolvido utilizando os 2 pontos no caminho da imagens, porém o mesmo não adiantou com o javascript, ja tentei de tudo e não consigo linkar ele ao html. 
Bom dia Douglas, o index dentro de img não é muito usual, o "correto" é index (arquivo), css e js (pastas) estarem na mesma hierarquia, assim como o print do Raul Braga, mas isso é só para organizar. A referência realmente pode ser feita apontando para qualquer local onde esteja o arquivo, inclusive em outro servidor.
Adicione esta linha ao final do body que irá resolver:
Espero ter ajudado! :)