Utilizando um terminal no Debian, já aconteceu mais de uma vez a situação de erro quando vou dar um "git add" ou "git commit" em um diretório de outro servidor. O retorno do Git referencia que outro git já está rodando no diretório e me gera um fatal "error". Só volta a funcionar quando recrio toda a estrutura dando um novo "git clone". Verifiquei as permissões no diretório e estão corretas, este erro já aconteceu com alguém?