Ao gerar a concatenação dos DataFrames df1, df2, df3 e gerou isso:
Entry point for launching an IPython kernel.
Coluna0 Coluna1 Coluna2 coluna0 coluna1 coluna2
linha0 NaN NaN NaN A A A
linha1 NaN NaN NaN A A A
linha2 NaN NaN NaN A A A
Linha0 B B B NaN NaN NaN
Linha1 B B B NaN NaN NaN
Linha2 B B B NaN NaN NaN
linha0 NaN NaN NaN C C C
linha1 NaN NaN NaN C C C
linha2 NaN NaN NaN C C C
Provavelmente alguma coluna/linha no código foi declarada com alguma diferença, neste caso foi o nome da coluna, que foi declarada com C maiúsculo e outra com C minúsculo. Ou até mesmo algum espaço na hora de nomear a coluna ou linha. Postei isso, pois tive esse problema e não achei solução, e descobri qual seria o erro no caso se aparecer esse output