Alberto, descobri que é o tempo padrão de uma conexão ociosa no Mysql é de 8 horas, depois meu sistema não entra e tenho que parar o tomcat e startar novamente,
configurei o persistence.xml com C3P0, porém não surtiu efeito e hoje mostrou o mesmo erro,
?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<persistence xmlns="http://java.sun.com/xml/ns/persistence"
xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
xsi:schemaLocation="http://java.sun.com/xml/ns/persistence
http://java.sun.com/xml/ns/persistence/persistence_2_0.xsd"
version="2.0">
<persistence-unit name="default">
<provider>org.hibernate.ejb.HibernatePersistence</provider>
<class>br.com.inteligenteweb.grade.model.Produto</class>
<class>br.com.inteligenteweb.grade.model.Cor</class>
<class>br.com.inteligenteweb.grade.model.Fornecedor</class>
<class>br.com.inteligenteweb.grade.model.Medida</class>
<class>br.com.inteligenteweb.grade.model.Usuario</class>
<class>br.com.inteligenteweb.grade.model.Nota</class>
<properties>
<property name="hibernate.dialect" value="org.hibernate.dialect.MySQL5InnoDBDialect" />
<property name="hibernate.hbm2ddl.auto" value="update" />
<property name="hibernate.show_sql" value="true" />
<property name="hibernate.format_sql" value="true" />
<property name="javax.persistence.jdbc.driver" value="com.mysql.jdbc.Driver" />
<property name="javax.persistence.jdbc.url" value="jdbc:mysql://localhost:3306/grade?autoReconnect=true" />
<property name="javax.persistence.jdbc.user" value="root" />
<property name="javax.persistence.jdbc.password" value="root" />
<property name="hibernate.connection.provider"
value="org.hibernate.connection.C3P0ConnectionProvider" />
<property name="hibernate.c3p0.min_size" value="5" />
<property name="hibernate.c3p0.max_size" value="100" />
<property name="hibernate.c3p0.acquire_increment" value="2" />
<property name="hibernate.c3p0.timeout" value="60" />
<property name="hibernate.c3p0.max_statements" value="50" />
<property name="hibernate.c3p0.idle_test_period" value="3000" />
</properties>
</persistence-unit>
</persistence>
Achei no Guj esse topico http://www.guj.com.br/t/conexao-com-o-banco-cai-apos-determinado-tempo/319045
porém como esta hospedado não posso mudar as configurações do mysql.