O segundo erro seria na inicialização, quando vou rodar a aplicação aparece um erro e não chega subir o servidor
Solucionado
O segundo erro seria na inicialização, quando vou rodar a aplicação aparece um erro e não chega subir o servidor
Oi Marcos,
Pela mensagem de erro você já adicionou no projeto o módulo Spring Data JPA, mas ainda não adicionou as propriedades do banco de dados no arquivo application.properties.
Ou remova por enquanto essa dependência, ou adicione as propriedades do banco de dados.
Ok, vou alterar aqui.
Outra dúvida é as minhas pastas não estarem completas após criar lá no spring initializer, isso é normal mesmo ou tem alguma coisa errada ? quando você importa o projeto, vem com todas as pastas incluindo src/main/java e etc. como faço pra deixar a minha igual ? pq até quando eu crio os pacotes ficam diferentes 
As pastas estão aparecendo no seu projeto. É que o Navigator exibe elas de um jeito diferente do package explorer.
Boa tarde, eu criei outro projeto dessa vez sem o Spring Data, mesmo assim, o erro ainda persiste ao tentar subir o servidor.
Criei a parte do HelloController para fazer o teste se iria funcionar mas o erro ainda continua, o que pode ser ? 
Esse erro esta dizendo q sua porta 8080 ja esta sendo usada, voce pode mudar isso no application.properties, como esta a sua configuração do banco? Voce pode usar a dependencia do H2 que cria um banco local e usar essa configuração no seu application.properties.
# datasource
spring.datasource.driverClassName=org.h2.Driver
spring.datasource.url=jdbc:h2:mem:rafaelapi
spring.datasource.username=sa
spring.datasource.password=
# jpa
spring.jpa.database-platform=org.hibernate.dialect.H2Dialect
spring.jpa.hibernate.ddl-auto=update
# h2
spring.h2.console.enabled=true
spring.h2.console.path=/h2-console
Pode mudar a url para um nome de sua preferencia e passar a url quando acessar ao banco remoto e para acessar ao banco usar "http://localhost:8080/h2-console"