Solucionado
Ao invés de utilizar o mysql estou utilizando o H2 como banco e quando tento inserir o a migration com flyway me deparei com este erro:
Error creating bean with name 'flyway' defined in class path resource [org/springframework/boot/autoconfigure/flyway/FlywayAutoConfiguration$FlywayConfiguration.class]: Circular depends-on relationship between 'flyway' and 'entityManagerFactory'
Achei o erro!
No arquivo de applicatiom.properties estava utilizando estas configurações:
#spring.jpa.defer-datasource-initialization=true
#spring.jpa.database-platform=org.hibernate.dialect.H2Dialect
#spring.jpa.hibernate.ddl-auto=update
para criar as tabelas via JPA e então ele não conseguia iniciar a migration o flyway e dava o erro.