Compartilhando a solução para o tipo de erro abaixo:
MySQLdb/_mysql.c:46:10: fatal error: Python.h: Arquivo ou diretório inexistente
#include "Python.h"
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compilation terminated.
error: command 'x86_64-linux-gnu-gcc' failed with exit status 1
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Solução, usando o sudo: https://www.jetbrains.com/help/pycharm/2017.3/cython-speedups.html