Oi Yves, tudo bem?
Pelo que entendi, o problema está relacionado ao uso do Input em conjunto com o Label, certo?
Para resolver esse problema, verifique se todos os seus elementos estão dessa forma:
<header class="cabeçalho">
<div class="container">
<input type="checkbox" id="menu" class="container__botao">
<label for="menu">
<span class="cabeçalho__menu-hamburguer container__imagem"></span>
</label>
<ul class="lista-menu">
<li class="lista-menu__titulo">Categorias</li>
<li class="lista-menu__item">
<a href="#" class="lista-menu__link">Programação</a>
</li>
<li class="lista-menu__item">
<a href="#" class="lista-menu__link">Front-end</a>
</li>
<li class="lista-menu__item">
<a href="#" class="lista-menu__link">Infraestrutura</a>
</li>
<li class="lista-menu__item">
<a href="#" class="lista-menu__link">Business</a>
</li>
<li class="lista-menu__item">
<a href="#" class="lista-menu__link">Design & UX</a>
</li>
</ul>
<img src="img/Logo.svg" alt="Logo da Alurabooks" class="container__imagem">
</div>
Em relação ao menu hamburguer que está desaparecendo, é possível que isso esteja relacionado a algum problema de estilo ou layout. Verifique se você fez alguma alteração no CSS que possa estar causando esse problema.
Certifique-se de que o menu hamburguer esteja definido corretamente e que não esteja sendo ocultado ou posicionado de forma incorreta.
Um abraço e bons estudos.