Olá, Yago! Tudo bem?

O problema está na forma como você está obtendo o valor da quantidade. Você está usando document.getElementById("quantidade"), o que retorna o elemento HTML em si, e não o valor que o usuário digitou no campo.

Solução:

Você precisa adicionar .value ao final de document.getElementById("quantidade") para obter o valor do campo de entrada. Além disso, você precisa converter o valor para um número usando parseInt() ou parseFloat(), caso queira realizar cálculos com ele.

function adicionar() {
  let produto = document.getElementById("produto").value;
  let nomeProduto = produto.split("-")[0];
  let valorUnitario = produto.split("R$")[1];
  let quantidade = parseInt(document.getElementById("quantidade").value); // Adicionado .value e parseInt()
  alert(nomeProduto);
  alert(valorUnitario);
  alert(quantidade);
}

function limpar() {
}

Espero ter ajudado.