Gerardo, não entendi bem a sua dúvida. Parece que você está obtendo um erro ao tentar instalar o matplotlib pelo Anaconda Prompt, porém aparece no Anaconda Navigator que o módulo já está instalado. É isso?

É preferível utilizar o Anaconda Prompt porque o Anaconda Navigator não é lá muito confiável.

Para conferir se um módulo está instalado mesmo, utilize o comando list no Anaconda Prompt. Ele retorna uma lista com todos os módulos instalados em um ambiente:

conda list -n nome-do-ambiente

Caso o matplotlib não esteja instalado, digite:

conda install matplotlib -n nome-do-ambiente