Bom dia, Rafael! Tudo bem?
No print que você enviou não há nenhum erro, é apenas uma mensagem de alerta que você não tem o "data source" configurado, mas isso é para facilitar a escrito do código SQL e não afeta em nada na criação da Migration.
O que você precisa é ter a dependência do banco de dados e do Flyway no seu pom.xml, as configurações de conexão com o banco de dados no application.properties e a query SQL para a criação da tabela "medicos".
create table medicos(
id bigint not null auto_increment,
nome varchar(100) not null,
email varchar(100) not null unique,
crm varchar(6) not null unique,
especialidade varchar(100) not null,
logradouro varchar(100) not null,
bairro varchar(100) not null,
cep varchar(9) not null,
complemento varchar(100),
numero varchar(20),
uf char(2) not null,
cidade varchar(100) not null,
primary key(id)
);
Espero ter esclarecido e caso tenha algum problema, estarei à disposição!
EU TENHO AMBAS E MESMO ASSIM DA ERRO 
Boa tarde, Rafael!
Certo, mas poderia mostrar o erro? Lembrando que aquela mensagem que você mostrou no primeiro print era um alerta que não mudava nada o funcionamento.
O erro que imagino que você está falando deva ser no terminal ao executar o projeto, sendo assim, para eu lhe ajudar, eu preciso de um print dele ou ele copiado em forma de texto.
Fico no aguardo!