Olá, Marcos
Eu passei por esse mesmo problema que você e isso me causou muito estresse.
No windows, o bundle install
não puxava as dependencias do sqlite3
, então fui para o Linux e enfrentei o mesmo problema.
A solução quen encontrei para isso, no Linux, foi:
1) Ir no gemfile
2) Onde tem " gem 'sqlite3', '~>1.4.0' " remover o '~>1.4.0' e trocar por '~>1.3.6'
3) Rodar o comando bundle update
Se me permite, utilize o https://gorails.com/guides
, para ver o passo a passo da instalação.
Lá está bem mais detalhado e você não terá problemas.