Solucionado (ver solução)
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Erro ao declarar parent::

No parent:: estou tendo o erro abaixo:

Expected type 'Doctrine\Common\Persistence\ObjectRepository'. Found 'App\Repository\MedicoRepository'.intelephense(1006)

public function __construct(EntityManagerInterface $entityManager, MedicoFactory $medicoFactory, MedicoRepository $medicoRepository)
    {
        parent::__construct($medicoRepository); // ERRO AQUI
        $this->entityManager = $entityManager;
        $this->medicoFactory = $medicoFactory;
        $this->medicoRepository = $medicoRepository;
    }
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solução!

Opa, Rodrigo. Esse erro é só do intelephense ou do PHP mesmo?

Como está o código do MedicoRepository e do BaseController?

Somente o intelephense mesmo. Está tudo funcional quando chamo a API. Acho que podemos encerrar o forúm.