Bom dia Rodrigo, tudo bem =D

Isto realmente acontece com muita frequência, meio que existe uma grade dentro de todos os softwares da Aobe para ele entender onde os objetos vão se encaixar, e as vezes esses milimetros de diferença acontecem, tente ver as seguintes soluções:

1º - Tenta ver se esta variação não está acontece apenas pelo zoon da camera, afasta a visualização e veja se ela permanece desalinhada

2º - Tenta aumentar o tamanho dos obejtos como um todo, para mudar levemente esta "grade" que o software usa e ver se você consegue alinhar melhor o objeto, depois você poed diminuir e encaixar na composição novamente.

3º - tente selecionar uma das linhas e modificar usando as setinhas do teclado, assim você consegue as vezes uma precisão melhor para alinhar os objetos

4º - E por ultimo, tente juntar as linhas, assim como o professor faz na aula, e depois ed fazer isto pegue a setinha branca (direct selection) clique neste ponto desalinhado e tente ajustar o alinhamento ok.

Veja se algum te atende, caso não de certo volte a perguntar aqui ok, vamos achar uma solução ^^

PS: Sua dúvida é muito pertinente, mas muitas vezes esses elementos não alinhados que só da para ver com um zoom muito alto podem ser ignorados a priore e ajustados mais pra frente no projeto, por que você vai ter uma visão melhor do todo ok.

Um abraço e bons estudos ^^