Solucionado
Após comentar as anotações e configurar o Web XML a aplicação passou a dar erro 404 URL: http://localhost:8080/gerenciador/entrada?acao=ListaEmpresa Link para a pasta com a aplicação: https://drive.google.com/open?id=1IIY9sPLWxDqGpbJiOyJad23pUFAhJHy3
Fala João, tudo bem?
Dei uma olhada no seu código e me parece em ordem. Tente fazer o deploy da aplicação diretamente no tomcat para verificarmos se pode ser algo com sua IDE.
Obrigado pela dica Otávio!
Me esqueci de fazer o óbvio, limpar o diretório de trabalho do Tomcat e remover e adicionar novamente a aplicação. Depois que fiz isso tudo funcionou!