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O erro está no sinal dentro do parâmetro do if. O sinal = é de atribuição, ele deveria utilizar o == que é de igualdade

if(quantidadeCarbono1 = quantidadeCarbono2 ) {

    mostra("Acho que são substâncias parecidas");
} else {

    mostra("São substâncias bem diferentes");
}
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solução!

Bom dia Maria, beleza?

é bem simples o problema, para comparação usamos dois "=", quando usamos somente 1, é uma atribuição de valor, 2 é uma comparação de valores, então ficará:

if(quantidadeCarbono1 == quantidadeCarbono2 ) {

    mostra("Acho que são substâncias parecidas");
} else {

    mostra("São substâncias bem diferentes");
}

Ainda existe a opção de 3 "=" que compara além do valor, o tipo da variável em questão.