Sim, é possível sim. E é recomendado dependendo do projeto.
Se você está trabalhando com API Rest que vai ter N funcionalidades, sim, é o mais indicado a se fazer, com base no DDD.
Mas caso você já esteja pensando em trabalhar com microsservices, pode ser uma boa já começar a pensar em APIs pequenas e independentes de outros projetos ...
Estou desenvolvendo um projeto no momento que estou utilizando várias micro apis ( o projeto como um todo ainda não é com base em microsservices) e estou dividindo as camadas apenas com diretórios dentro do projeto web.
Resumindo: sim, pode ser feito e é uma boa prática. Mas precisa analisar se atende as necessidades do seu projeto.