Solucionado
O Doctrine criou uma tabela intermediária no banco de dados para efetuar este relacionamento Muitos para Muitos, minha dúvida é, se eu quisesse saber a data em que o aluno foi adicionado ao curso (Aluno 1 no Curso 1 por exemplo), como eu passaria esta instrução? Através do método addAluno mesmo?
Olá, Allan. Caso você queira essa informação, basta salvá-la onde você achar que faz mais sentido. Você pode criar um entidade de Matricula por exemplo para fazer a ligação entre alunos e cursos. :-)
Aí o "problema" já não é de banco de dados ou ORM, mas sim de modelagem. :-D
Beleza, entendi.. Obrigado!!