Boa noite, Victor, tudo certo?
eu não sou desenvolvedor Python, sou PHP, mas já que se trata de um framework web vou arriscar em te ajudar.
Mensagens flash são mensagens que devem durar uma requisição, ou seja, você insere o flash na primeira requisição, a mensagem ficará guardada em sessão (não no cookie); na segunda requisição quando o seu código consultar as mensagens no flash o seu framework te devolverá e as removerá, a partir desse momento você deve exibir em seu template pro usuário.
Esclarecendo sobre os cookies, os cookies são valores que ficam armazenados na sessão do navegador do cliente, vinculado ao domínio da sua URL. A aplicação web quando responde a requisição ele informa o nome das variáveis cookies e os seus valores (além de outras informações de segurança), e para todas as futuras requisições o navegadores enviará os cookies armazenados, e com esses cookies a sua aplicação consegue identificar quais as variáveis de sessão ele deve utilizar (cujos valores da sessão estão armazenados no servidor, incluindo as mensagens flash).
Espero ter ajudado e não ter estendido muito ao ponto de te dar sono kkkkkk.
:))