Olá boa noite!
Uma boa prática é deixar o arquivo HTML na pasta raiz do projeto e os arquivos CSS dentro de uma pasta que guarda todos os códigos CSS, já que deixar tudo em uma só pasta fica confuso e difícil manutenção. Exemplo:
Temos a pasta raiz do projeto, ela se chama portifólio.
Dentro da pasta portifólio, temos o arquivo HTML e uma pasta com o nome estilos.
Dentro da pasta estilos guardamos todos arquivos CSS da nossa página, assim funciona com as imagens, podemos criar outra pasta dentro da raiz do projeto(pasta portifólio), e por exemplo com o nome de imagens e guardar dentro da mesma todas as imagens do site!
Isso deixará nosso ambiente de estudo/trabalho muito mais organizado. Mas tenha atenção, sempre ao chamar os arquivos que você inseriu dentro de outra pasta, coloque a referenciação, veja com um exemplo que utilizamos:
<!DOCTYPE html>
<html lang="pt-BR">
<head>
<meta charset="UTF-8">
<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=edge">
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0">
<title>Portifólio</title>
<link rel="stylesheet" href="estilos/style.css"> <---- estilos = pasta style.css arquivo que está dentro da pasta
</head>
<body>
</body>
</html>
Não se esqueça de referenciar a pasta, pois se colocarmos apenas o nome do arquivo, nada surtirá efeito.
Espero ter ajudado!
Bons estudos!