Olá! Ao testar o programa, experimentei entrar com a altura usando vírgula (1,60) ao invés de ponto (1.60), pois é uma forma comum das pessoas escreverem suas alturas. O cálculo não é realizado, e a função retorna NaN. Daí, pedi a entrada da altura em centímetros para o usuário e corrigi para metros na função, conforme segue:
<meta charset="utf-8">
<script>
function calculaIMC(peso, altura){
return peso / (altura*altura/10000);
}
var nome = prompt("Informe o seu nome");
var alturaInformada = prompt(nome + ", informe a sua altura em centímetros.");
var pesoInformado = prompt(nome + ", informe o seu peso em quilos.");
var imc = calculaIMC(pesoInformado, alturaInformada);
document.write(nome + ", o seu IMC é " + Math.round(imc));
</script>