Solucionado
Se formos pensar em processamento, ao meu ver pelo menos, é mais fácil a página carregar 1 arquivo, do que 100, porém para se encontrar dentro de um arquivo onde tem milhares de funções fica difícil, então penso que separar é melhor, até porque tanto na visulização quanto na hora de procurar uma função para alterar algo fica mais bem mais fácil achar.
Olá Guilherme, tudo bem?
É uma boa prática de programação separar em vários arquivos as funções, porque ajuda na manutenção futura do programa, então você realmente tem razão nessa parte! Quanto ao processamento, a importação de vários arquivos não vai ser tão prejudicial, o único problema é que você terá que importar um por um no seu programa.
Mas muito bem posicionado seu ponto de vista! Continue assim!
Bons estudos!