Opa Wh, tudo bem? Acho essa uma ótima pergunta. Não existe certo e errado neste caso, mas existem boas recomendações. Considerando que cada parte do pipeline de testes é independente, claro.
Geralmente vejo dois fluxos que parecem ser mais populares, ou o Selenium está já no começo da stack de testes, sendo os primeiros a serem executados ou então no final depois dos testes de unidade e integração. Lembrando que é um teste de interface e comportamento, ele estará afetando todo o comportamento do sistema em si, de forma guiada claro.
Popularmente eu conheço essas duas opções. Você tem alguma outra sugestão de como ele pode estar no pipeline.
Acho que até o próprio Jenkins dá uma dica na página inicial do seu site mostrando que o primeiro teste é o de browser antes de passar para a análise estática: