Olá Mariana,
Na variável numeroPensado = Math.round(Math.random() * 100);
você multiplicou por 100, então vai ser difícil acertar. Tenta fazer um console.log(numeroPensado)
logo abaixo da variável para você testar, e verá que ele compara e exibe a mensagem caso esteja certo.
Todas as mensagens tanto de erro como de acerto da função mostra, no caso o document.write() só vão ser exibidas depois do alert. Isso é uma característica do navegador mesmo. No do professor não tem esse comportamento pois é uma versão antiga do chrome.
Se quiser que fique mais claro, troque o mostra para o alert, dessa forma, quando você errar ele vai dar a mensagem de erro no exato momento, e não apenas no final.
Espero que tenha ficado claro, qualquer duvida diga aqui. Bons Estudos.