Efeito 3D não funciona e palavras ficam sobrepostas

Oi, Michel, tudo bem?

Posso te pedir o arquivo completo do index.css para podermos ver como outras estilizações podem agir para resolver esse erro?

Olá Lais, Segue meu código CSS

header{
    position: relative;
}
.palavras-home{
    perspective: 6px;
    position: absolute;
    top: 0;
    left: 0;
    width: 100%;
    height: 100%;

}
.palavra-home {
    position: absolute;
    font-family: "Shadows Into Light", cursive;
    font-weight: bold;
    font-size: 70px;
    color: #D5447E;

}

.eficiencia {
    top: 20%;
    left: 75%;
    transform: translate(-50%, -50%) rotate(-5deg) translateZ(4px);
}

.boas-praticas {
    top: 70%;
    left: 20%;
    transform: translate(-50%, -50%) rotate(10deg) translateZ(1px);
}

.codigo-limpo {
    top: 45%;
    left: 10%;
    transform: translate(-50%, -50%) rotate(-10deg) translateZ(2px);
}

.css3 {
    top: 50%;
    left: 30%;
    transform: translate(-50%, -50%) rotate(5deg) translateZ(2px);
}

.html5 {
    top: 40%;
    left: 80%;
    transform: translate(-50%, -50%) rotate(10deg) translateZ(2px);
}

.javascript {
    top: 10%;
    left: 60%;
    transform: translate(-50%, -50%) rotate(-5deg) translateZ(1px);
}

.acessibilidade {
    top: 30%;
    left: 25%;
    transform: translate(-50%, -50%) rotate(-5deg) translateZ(3px);
}

.responsivo {
    top: 15%;
    left: 15%;
    transform: translate(-50%, -50%) rotate(10deg) translateZ(3px);
}

.otimizacoes {
    top: 60%;
    left: 70%;
    transform: translate(-50%, -50%) rotate(-5deg) translateZ(2px);
}

.agilidade {
    top: 10%;
    left: 30%;
    transform: translate(-50%, -50%) rotate(5deg) translateZ(1px);
}

.design {
    top: 35%;
    left: 65%;
    transform: translate(-50%, -50%) rotate(10deg) translateZ(2px);
}

.banner-twitter{
    width: 14em;
    background-color: #3C1D3D;
    line-height: 1;
    padding: 1em 0;
    box-sizing: border-box;
    text-align: center;
    text-decoration: none;
    color: #FFF;
    border: .25em solid black;
    font-size: 1em;
    font-family: "open sans condensed", sans-serif;
    position: absolute;
    top: 0;
    right: 0;
    transform-origin: 0 0;
    transform: translate(6.5754em, -2.4749em) rotate(45deg)

}

.foto-home {
    height: 200px;
    border-radius: 50%;
}
.saudacao p {
    font-size: 1.5em;
    color: #99A;
    line-height: 1;
    padding: 2em;
}
.saudacao-inicio {
    font-size: 3em;
    color: #889;
}
.saudacao-ultima-linha {
    text-align: right;
    display: block;
}
.saudacao strong {
    font-size: 2em;
    color: #000;
}
.saudacao em {
    font-size: 4em;
    color: #851944;
    transform: rotate(-5deg) skew(-10deg);
    display: inline-block;
}
.botao-index {
    font-size: 1.25em;
    background-color: #851944;
    color: #FFF;
    border: .2em solid black;
    width: 40ch;
    margin: 2em auto;
    padding: .5em;
    display: inline block;
    text-align: center;
}
.secao-inicio{
    padding: 2em;
}
.secao-inicio h2 {
    font-size: 3em;
    text-shadow: 2px 2px #000;
    text-transform: uppercase;
    margin-bottom: .5em;
}
.trabalhos {
    background-color: #3C1D3D;
    border-top: .5em solid #000;
    border-bottom: .5em solid #000;
}
.trabalhos h2 {
    color: #FFF;
}
.trabalhos ul {
    overflow: hidden;
    border: .5em solid black;
}
.trabalhos li {
    float: left;
    width: 33.333%;
}
.trabalhos img {
    width: 100%;
    display: block;
}
.blog {
    position: relative;
    background-color: #999;
    color: #FFF;
    border-bottom: .5em solid #851944;
}
.blog .mais-recente {
    background-color: #F2FFFC;
}

.blog .mais-recente a {
    color: #F26;
}
.blog .inicio-post {
    position: absolute;
    top: 4em;
    height: 8em;
    left: 30%;
    right: 4em;
    background-color: #F2FFFC;
    color: #000;
    padding: 1.5em;
}
.blog small{
    position: relative;
    top: -2em;
}
.blog li {
    width: 30%;
}
.blog li a {
    color: #FCF;
    padding: .5em;
    display: block;
}
footer {
    background-color: #000;
    color: #FFF;
    padding: 2em;
}
footer h2{
    font-size: 3em;
} 
footer a {
    color: #F99;
}
main {
    width: 100%;
    padding-bottom: 0;
    float: none;
}

Oi, Michael.

Adicione o scale(.25) na classe das palavras:

.design {
    top: 35%;
    left: 65%;
    transform: translate(-50%, -50%) rotate(10deg) translateZ(2px)scale(.25);
}

Essa transformação em CSS redimensiona um elemento em 2D, ou seja, ele pode atuar mudar as dimensões horizontais e verticais de um elemento. Esse link vai te ajudar a entender melhor o que acontece com as transformações em CSS: https://www.w3schools.com/css/css3_2dtransforms.asp

E esse trecho aqui:

html,body {
    overflow-x: hidden;
    height: 100%;
}

Vai auxiliar na estilização do tamanho da página.

Espero ter te ajudado!